| Fragmento de RNA o DNA problema
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| corte con endonucleasa `A´ | corte con endonucleasa `B´ | corte con endonucleasa `C´ |
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| Separación de los fragmentos por cromatografía y secuenciación de cada uno | ||
secuencias A1, A2, ... |
secuencias B1, B2, ... |
secuencias C1, C2, ... |
| Deducción de la secuencia problema por alineación de las secuencias de los fragmentos | ||
secuencia completada |
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Para comprender el proceso de alineación de los fragmentos, véase también la alineación de cóntigos en pág. 247.