Notas avanzadas

Abrazadera deslizante PCNA, 3K4X.pdb

La resolución de esta estructura en complejo con el DNA sólo se pudo conseguir empleando una proteína recombinante, en la que se fusionaron 3 moléculas de PCNA en una única cadena —empleando conectores undecapeptídicos—. La estructura es, sin embargo, completamente homóloga a la original —que puede observarse en otros experimentos, como por ejemplo 1PLQ.pdb—. Dado que los conectores, flexibles, no se observan en el modelo resuelto, la cadena única se interrumpe dos veces y así la presentación corresponde bien a la molécula trimérica original. (Faltan, además, algunos de los residuos aminoácidos terminales de cada subunidad, que tampoco se resolvieron.)

La molécula de DNA presenta elevada movilidad en el anillo, por lo que su posición es sólo aproximada (según indican los autores en el artículo original).

El ángulo entre el eje del DNA y el eje del anillo PCNA es de 40° (frente a 22° encontrados en el caso de la abrazadera de E. coli, 3BEP.pdb).