La disposición en zig-zag del esqueleto de la forma Z del DNA se aprecia de forma óptima en este modelo de varillas, donde los grupos fosfato se han unido con una línea verde hipotética. Se muestra, a efectos comparativos, cómo el B-DNA no presenta esta ordenación, sino que su esqueleto describe una hélice continua. Nótese que el Z-DNA es la única conformación con hélice en sentido levógiro.
| Z-DNA | B-DNA |
|---|---|
Los grupos fosfato describen una hélice sinistrorsa (a izquierdas), con una línea en zig-zag. |
Los grupos fosfato describen una hélice dextrorsa (a derechas), con una línea continua y suave. |
Los grupos fosfato se encuentran entre sí en Z-DNA que en A- y B-DNA, por lo cual in vitro se requiere una elevada concentración salina para reducir las repulsiones electrostáticas entre ellos y así poder mantener esta conformación Z.