En la forma Z del DNA, los nucleótidos purínicos (A, G) orientan su base sobre el anillo de pentosa (conformación sin), mientras que los pirimidínicos (T, C) orientan su base hacia fuera (conformación anti).
En las formas A y B del DNA, todos los nucleótidos están en conformación anti.
| Par CG (anti, sin) en el Z-DNA | Par CG (anti, anti) en el B-DNA |
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Obsérvese que las posiciones relativas de ambos fosfatos son muy diferentes. Eso permite entender, en parte, las diferencias entre las conformaciones Z y B; concretamente, el menor diámetro de la hélice Z y la disposición en zig-zag del esqueleto (debido a la alternancia de CG(anti,sin) con TA (anti,anti), pág. 50).