Vemos aquí un dímero del factor de transcripción GCN4 de levadura, unido a un fragmento de DNA. Se muestra sólo la parte de la proteína correspondiente al motivo cremallera de leucina.
Cada cadena se muestra en un color: las 2 hebras de DNA y 2 cadenas en la proteína dimérica.
la estructura que es común con otras proteínas, y por ello se llama motivo: consta de los dos segmentos peptídicos en hélice alfa, que a su vez ligeramente entre sí (formando una superhélice). Mientras en ese extremo estas hélices interaccionan entre sí, en el otro lo hacen con secuencias específicas de bases en el surco mayor del DNA.
La asociación de las dos hélices se mantiene principalmente gracias a la entre cadenas laterales de leucina, situadas cada 7 residuos en la secuencia (2 vueltas de hélice alfa).
Ejercicio: ¿De qué tipo es la interacción entre las leucinas?
verificar
Por otro lado, en la existe abundancia de aminoácidos con carga positiva, como arginina.
Ejercicio: ¿De qué tipo es la interacción entre las argininas y el DNA?
verificar
El estrecho contacto entre proteína y DNA se aprecia mejor al el modelo con todos sus átomos en esferas.
de uno de los contactos entre leucinas de ambas cadenas (cadenas laterales en color más oscuro, otros aminoácidos en color CPK: CON). de nuevo la proteína completa)
Referencias: