Gráfica de hidropatía

Representaciones gráficas de hidropatía (hidrofobia/hidrofilia)

Resumen

Al proporcionar la secuencia de una proteína se obtendrá una represenación gráfica que caracteriza su carácter hidrófobo, lo que es úitl como parte del proceso de predicción de su estructura tridimensional; concretamente, dominios transmembranarios, posibles determinantes antigénicos y regiones que probablemente estén expuestas en la superficie de la proteína.

Instrucciones

Escribe o pega una secuencia polipeptídica (usando códigos de una letra para los residuos aminoácidos).
Para probar el programa puedes elegir una proteína del menú desplegable de ejemplos; se pegará su secuencia en la caja de texto de abajo.
Elige el tipo de escala de hidrofobia deseado y el tamaño de la ventana para el cálculo del perfil hidropático.
Pulsa el botón para generar la gráfica. Si cambias algún parámetro, pulsa de nuevo.

Orientaciones:

Escalas de hidrofobia:

La escala de Kyte y Doolittle se usa con frecuencia para analizar el carácter hidrófobo de una proteína. Las regiones con valores positivos son hidrófobas.

Tamaño de ventana:

Se refiere al número de residuos aminoácidos que se evalúan para calcular un punto de la gráfica (cada punto es el promedio de los valores alrededor del residuo considerado;. El tamaño de la ventana se puede variar entre 5 y 25; es recomendable elegir una ventana que corresponda al tamaño esperado para el motivo estructural que se está investigando:
Una ventana entre 5 y 7 es adecuada para buscar regiones hidrófilas expuestas en la superficie, que posiblemente sean antigénicas.
Una ventana entre 19 y 21 hará que destaquen claramente los dominios hidrófobos que atraviesan la membrana (con valores típicamente superiores a 1.8 en la escala de Kyte y Doolittle (línea roja en la gráfica).

Ejemplos:

Esta página utiliza los servicios de GCAT at Davidson College.