Gráfica de hidropatía

Representaciones gráficas de hidropatía (hidrofobia/hidrofilia)

Resumen

Al proporcionar la secuencia de una proteína se obtendrá una represenación gráfica que caracteriza su carácter hidrófobo, lo que es úitl como parte del proceso de predicción de su estructura tridimensional; concretamente, dominios transmembranarios, posibles determinantes antigénicos y regiones que probablemente estén expuestas en la superficie de la proteína.

Instrucciones

Escribe o pega una secuencia polipeptídica (usando códigos de una letra para los residuos aminoácidos).
Para probar el programa puedes elegir una proteína del menú desplegable de ejemplos; se pegará su secuencia en la caja de texto de abajo.
Elige el tipo de escala de hidrofobia deseado y el tamaño de la ventana para el cálculo del perfil hidropático.
Pulsa el botón para generar la gráfica. Si cambias algún parámetro, pulsa de nuevo.

Orientaciones:

Escalas de hidrofobia:

La escala de Kyte y Doolittle se usa con frecuencia para analizar el carácter hidrófobo de una proteína. Las regiones con valores positivos son hidrófobas.
La escala de Hopp y Woods se diseñó para predecir regiones potencialmente antigénicas en los polipéptidos. Las regiones con valores positivos son hidrófilas y, por ello, probablemente expuestas en la superficie de una proteína plegada.

Tamaño de ventana:

Se refiere al número de residuos aminoácidos que se evalúan para calcular un punto de la gráfica (cada punto es el promedio de los valores alrededor del residuo considerado;. El tamaño de la ventana se puede variar entre 5 y 25; es recomendable elegir una ventana que corresponda al tamaño esperado para el motivo estructural que se está investigando:
Una ventana entre 5 y 7 es adecuada para buscar regiones hidrófilas expuestas en la superficie, que posiblemente sean antigénicas.
Una ventana entre 19 y 21 hará que destaquen claramente los dominios hidrófobos que atraviesan la membrana (con valores típicamente superiores a superiores a 1.8 en la escala de Kyte y Doolittle (o 1.6, según autores)

Ejemplos:

Escala de hidrofobia:	Estructura secundaria:	Otras:
Eisenberg et al. OMH / Sweet et al. Hopp & Woods Kyte & Doolittle Manavalan et al. Abraham & Leo Black Bull & Breese Fauchere et al. Guy Janin Miyazawa et al. Rao & Argos Roseman Tanford Wolfenden et al. Welling et al HPLC / Wilson et al HPLC / Parker et al HPLC pH3.4 / Cowan HPLC pH7.5 / Cowan movilidad Rf HPLC / HFBA retention HPLC / TFA retention Transmembrane tendency HPLC / retention pH 2.1 HPLC / retention pH 7.4 % buried residues % accessible residues Chothia Rose et al Polarity / Zimmerman Polarity / Grantham	Chou y Fasman: hélice alfa hebra beta giro beta Deleage y Roux: hélice alfa hebra beta giro beta flexible Lewitt: hélice alfa hebra beta beta-turn Hojas beta: total antiparalela paralela	Masa molecular Composición de aa Composición de aa según Swiss-Prot Nº de codones Bulkiness Refractividad Factores de reconocimeinto Cociente hetero end/side Área promedio enterrada Flexibilidada promedio Mutabilidad relativa

Escala de hidrofobia:

Estructura secundaria:

Otras:

Chou y Fasman:
hélice alfa
hebra beta
giro beta

Deleage y Roux:
hélice alfa
hebra beta
giro beta
flexible

Lewitt:
hélice alfa
hebra beta
beta-turn

Hojas beta:
total
antiparalela
paralela

Masa molecular

Composición de aa

Composición de aa según Swiss-Prot

Nº de codones

Bulkiness

Refractividad

Factores de reconocimeinto

Cociente hetero end/side

Área promedio enterrada

Flexibilidada promedio

Mutabilidad relativa

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