(Nota del autor)
Quizás resulte chocante la asignación de algunos aminoácidos a los diversos grupos de propiedades. Por ejemplo, hay aminoácidos que son a la vez "polares" y "apolares". Esto tiene más sentido del que parece, pues estos conceptos son relativos.
En lugar de acudir a la clasificación tradicional, básica y simplista (que se usa, por ejemplo, en Biomodel-3), he optado para este módulo Biomodel-1 por esta clasificación más sofisticada y más realista.
El diagrama de Venn de clasificación de aminoácidos según sus propiedades deriva del existente en varios sitios web; al parecer, la referencia original es “The classification of amino acid conservation”; W.R. Taylor (1986) Journal of Theoretical Biology 119 (2), 205-218.
El criterio empleado por el Dr. Taylor, así como por otros muchos que trabajan en ese campo, se basa en estudios experimentales de la frecuencia de aparición de los aminoácidos en cada región de una proteína, estudiada en diversas especies. Estos análisis de alineamiento de secuencias entre proteínas homólogas de diversas especies nos ofrecen una clave de qué aminoácidos pueden sustituir a otros sin que se pierda la estructura y la función de la proteína. Tal sustitución indica que las propiedades de esos aminoácidos son similares, por lo que de ese modo se asignan los grupos. Por tanto, en lugar de usar un criterio teórico basado en la naturaleza química de la cadena lateral, se está empleando un criterio empírico.
Otros sistemas que usan clasificaciones similares: