En el surco mayor de la hélice doble de tipo B asoman grupos funcionales de las bases que pueden establecer enlaces de hidrógeno con una tercera base nitrogenada que se aproxime al surco. Esta estructura está favorecida en particular cuando la primera hebra es rica en pirimidinas, la segunda en purinas y la tercera en pirimidinas. Se denomina en ocasiones forma H del DNA.
En este modelo, la 3ª hebra es RNA, pero la estructura sería la misma si fuera DNA.
DNA: 5′ .. .. 3′
sólo un trío de bases emparejadas. trío diferente.
Esta es la estructura de los tríos de bases: