La ferredoxina es una proteína soluble, pequeña, situada en el estroma del cloroplasto. Recibe electrones (de uno en uno) del fotosistema I y los transfiere al FAD que forma parte de la ferredoxina-NADP reductasa, que a su vez los emplea para reducir el NADP a NADPH.
La ferredoxina contiene para ello un grupo prostético clave, un centro hierro-azufre del tipo Fe2S2 coordinado por 4 residuos de cisteína: