Struktura DNA – plan zajęć dla nauczycieli

Zaproś uczniów do Sali komputerowej, gdzie każda para (lub uczeń) będzie miała komputer. Prawdopodobnie lepiej będzie, jeżeli uczniowie pracować będą w parach.
Rozdaj wydrukowane pytania. Powiedz uczniom, na które z pytań chciałbyś, żeby spróbowali odpowiedzieć i ile czasu będą mieli. Dobrze, jeżeli uczniowie pracują w parach. Możesz powiedzieć im, żeby pominęli pytania, które sprawiają im nadmierną trudność. Zaznacz, że w odpowiedzi na pytania pomocne będą interaktywne grafiki przedstawiające cząsteczki.
Kiedy minie zapowiedziany czas, rozdaj odpowiedzi. Poproś każdą parę, żeby oceniła odpowiedzi innej pary. Zachęcaj do dyskusji i wymiany poglądów między grupami.

Ostrzeżenie:

Pytanie 17 (w obrębie zestawu B) ma sens i odpowiedź na nie jest możliwa tylko w połączeniu z jednym z dwóch modeli DNA dostępnych w niniejszym materiale szkoleniowym. O tym który z modeli zostanie użyty można zdecydwać przez prostą edycję jednego z plików. Szczegółowe wyjaśnienie.

Odpowiedzi na Pytania dostępne są dla kadry szkolącej po uprzednim kontakcie poprzez email do Erica Martza. Potrzebny będzie załączony dowód zajmowanego stanowiska nauczyciela/osoby szkolącej, na przykład poprzez odniesienie się do szkolnej lub uniwersyteckiej listy pracowników znajdującej się na stronie internetowej.

Informację zwrotną prosimy kierować do . [

Powrót do strony głównej ]

(Zaawansowane)

Wybór modelu DNA

W niniejszym szkoleniu dostępne są dwa modele DNA. Możesz sprawdzić, którego używasz poprzez otwarcie wyskakującego menu w Jmol (kliknięcie prawym przyciskiem myszy lub na logo Jmol w prawym dolnym rogu aplikacji). Będzie to pierwszy wpis od góry: 1D66 lub DNA.

(a) Klasyczny 1d66-pwz.pdb (zmodyfikowany przez Erica Martza plik 1d66.pdb używany w starym szkoleniu DNA, które wykorzystywało Chime).

Plik ten zawiera błąd: zasada C28 jest źle ustawiona – przekręcona względem komplementarnej zasady G11, z którą powinna tworzyć parę.

Jmol przyporządkowuje wiązania wodorowe do prawidłowych atomów w C28 i G11, jednak w efekcie powstają nienaturalnie długie wiązania wodorowe. Podobnie wyglądają wiązania automatycznie rysowane przez Chime.

Martz wykorzystał tę anomalię do stworzenia jednego z pytań do uczniów (numer 17).

Żeby wykorzystać ten model: otwórz plik utils.js używając zwykłego edytora tekstu i usuń dwa ukośniki (//) blisko linii 29, przed var DNAmodel = "1d66-pwz.pdb" i dodaj dwa ukośniki po var DNAmodel = "dna.pdb". Zapisz zmiany i przeładuj stronę szkolenia.

(b) Nowy plik dna.pdb (zmodyfikowany przez Angela Herráeza 1d66-pwz.pdb) z poprawną pozycją C28, która formuje standardowe wiązanie wodorowe Watsona-Cricka w Jmol.

Pytanie do uczniów numer 17 nie ma sensu w przypadku wykorzystania tego modelu, ponieważ nie da się udzielić na nie odpowiedzi.

Żeby użyć tego modelu: otwórz plik utils.js używając zwykłego edytora tekstu i dodaj dwa ukośniki (//) blisko linii 29, przed var DNAmodel = "1d66-pwz.pdb" po czym usuń dwa ukośniki przed var DNAmodel = "dna.pdb". Zapisz zmiany i przeładuj stronę szkolenia.