Ayuda con las opciones avanzadas

La optimización estructural realizada en Jmol no respeta la estereoquímica de los modelos. Para intentar paliar esta limitación, se ofrecen unas “opciones avanzadas”, aunque no hay garantía de que lo consigan.

Antes de generar el modelo 3D:

Opción “estereoquímica”:

Normalmente, los modelos transferidos son planos, todos sus átomos tienen coordenada Z = 0. Al activar esta opción se utilizará la información proporcionada mediante enlaces de cuña en el dibujo 2D, asignando a algunos átomos una coordenada Z superior o inferior a cero. Esto puede en ocasiones ayudar a retener la estereoisomería deseada durante la optimización.

Después de generar el modelo 3D:

Opción “enantiómero”:

Aplica una operación de simetría de reflexión a todo el modelo 3D, generando así la forma enantiómera.

Opción “diastereómero en un C”:

Abre un diálogo para realizar la operación de forma semimanual sobre el modelo 3D. Se aplicará una operación de intercambio de posiciones de dos de los sustituyentes de un átomo de carbono dado (esto sólo funciona cuando dicho átomo tiene 4 sustituyentes, o cuando tiene 3 si uno de ellos está unido mediante doble enlace). Se puede así generar el diastereómero en un C quiral o interconvertir los isómeros cis y trans.

La secuencia de acciones requeridas (guiada mediante indicaciones en el panel de Jmol) es:

1. activar el proceso (marcando la casilla );
2. picar con el ratón sobre el átomo central (se marca con un halo amarillo); se puede corregir marcando otra vez el mismo átomo;
3. pulsar el botón 2 (el halo cambia a color verde);
4. picar con el ratón sobre el primer átomo de cada uno de los dos sustituyentes (se marcan con halos amarillos); se puede rectificar marcándolos de nuevo;
5. pulsar el botón 3 (el halo cambia a color naranja y el resto de cada sustituyente se seleccionará automáticamente, con halos amarillos);
6. pulsar el botón 4 para realizar el intercambio.

Se puede cancelar el proceso quitando la marca a la casilla “activar”.

Al terminar convendrá aplicar una nueva optimización para ajustar la nueva estructura.