Todos los aminoácidos excepto la glicina (antiguamente llamada glicocola) son moléculas quirales y, como tales, se les aplican las denominaciones d-l y R-S. Los 20 aminoácidos naturales, aquéllos que componen las proteínas, pertenecen a la serie l.
Los distintos aminoácidos se diferencian entre sí en la denominada "cadena lateral" o "grupo R". De ésta dependen las propiedades singulares de cada aminoácido: polaridad, carga eléctrica, hidrofobia, volumen... Estas propiedades son la clave de la estructura y función de una proteína.
El modelo siguiente corresponde a un aminoácido genérico, con la cadena lateral representada por una esfera grande.
Observa que se muestra la forma doblemente ionizada (+H3N-CHR-COO−), o zwitterión, que es la mayoritaria en medio acuoso a pH neutro. Luego trataremos más esta cuestión: la ionización de los aminoácidos.Comenzaremos identificando aminoácidos, para luego estudiar algunas de sus propiedades.