Nota: esta sección está anticuada, pero no dispongo de tiempo para mantenerla actualizada; espero que, al menos, sirva de orientación; si fallan los enlaces, utiliza tu buscador favorito para encontrarlo en la red.

Software:

subsecciones: Programas auxiliares para ver las páginas web (gratuitos) Otros programas útiles (y gratuitos) Compresores/descompresores gratuitos
Colecciones de imágenes científicas Programas no tan gratuitos, pero curiosos Software de biología molecular

    1) Programas auxiliares para ver las páginas web (gratuitos)

El contenido multimedia de las páginas web puede requerir que tengas instalados diversos programas, bien independientes o bien como conectores o módulos del navegador (plug-ins). Se incluye aquí información y enlaces de descarga.
 
Nombre Propietario Propósito Tipo de archivos Descarga
Windows y Mac
(versión actual e idioma)
RasMol Roger A. Sayle, GlaxoWellcome and the University of Edinburgh  Modelos moleculares en 3D pdb
ent
v.2.6:
en U.K.
en U.S.
v.2.7: 
Hay también versiones para Unix/X-windows, VAX/VMS, NextStep y Acorn RISC OS
RasTop Philippe Valadon, 
La Jolla, California
Entorno gráfico para Rasmol
v.2.0.3
(sólo Windows)
En inglés y en francés
Chime MDL Como RasMol pero dentro de página web pdb, ent, mol, xyz
spt (scripts)
v.2.6 SP6
Hay que registrarse, pero es gratis
WebMol Dirk Walther, Univ. of California at San Francisco Modelos moleculares en 3D dentro de web (emplea Java)
pdb
Windows y Unix
Marvin ChemAxon Ltd. Modelos moleculares en 3D dentro de web (emplea Java) mol, SMILES, SMARTS, Sybyl mol, pdb, cml, xyz, POV-Ray Permite también construir moléculas dibujando las fórmulas
Acrobat Reader Adobe Documentos en formato real, con texto y gráficos. Ver, imprimir, copiar fragmentos. pdf
(Adobe's portable document format)
v.6.0
Hay también versiones para Linux, SGI, AIX, Solaris, HP UX, Palm OS
Shockwave Macromedia Animaciones con sonido   v.8.5.1 El instalador puede incluir Flash o no.
Flash Macromedia Animaciones con sonido   v.7
QuickTime Apple Animaciones, vídeo con sonido mov v.6
RealPlayer Real Audio Vídeo con sonido
ram, rpm, rm, ...

Real Player 8
Real One Player 2
HyperChem Web Viewer Hypercube, Inc. Modelos moleculares en 3D
cow
Modelos generados con HyperChem 6 o 7, con Hypercube Compute Site, o de la galería en línea de Hypercube.
Chemis3D Didier Collomb
mol3d.com
chemis.net
Modelos moleculares en 3D dentro de web (emplea Java) pdb, xyz, mol v.2.72 No hay que instalarlo, basta con tener Java instalado y activo en el navegador. Descarga el archivo java para crear contenido.

2) Otros programas útiles (y gratuitos)

Nombre Propietario Propósito Tipo de archivos Descarga
ChemSketch ACD/Labs Dibujo de fórmulas químicas (*) Lee y escribe: sk2,
mol, skc, rxn, chm, wmf
Lee: cdx, mst, rpt
Escribe: bmp, pcx, tif, gif
v.5
(sólo Windows)
Tiene una gran colección de estructuras prediseñadas: químicas, bioquímicas, reacción, material de laboratorio. Posibilidad de 3D.
Isis/Draw MDL Dibujo de fórmulas químicas (*)  
v.2.5 PC /2.3 Mac
Hay que registrarse, pero es gratis.
No lo he probado, si alguien lo hace puede enviar comentarios
ViewerLite
(antes WebLab Viewer Lite)
Accelrys 
(antes MSI)
Modelos moleculares en 3D msv,
pdb, ent, mol, cif y muchos más
v.5.0
(Windows)
v.3.2 (Mac)
Ya no está disponible
Alternativo: v.3.7
Parecido a RasMol, más estilo "windows". Organiza la molécula por sus componentes.
Mage David Richardson Modelos moleculares en 3D (kinemages)
kin
Hay versiones para Windows, Macintosh, SGI y Linux; también versión Java
MolMol R.Koradi, M.Billeter y K.Wüthrich Modelos moleculares en 3D
pdb, diana, dg, mol2, xyz
v.2K.2
(Windows)
Hay versiones para Windows, Linux y Unix
MapEditor EMP Project, Inc. Diseña tus propios mapas metabólicos  
Requiere acceso a internet, pues usa una base de datos.
Protein Explorer Eric Martz (Univ. Massachussetts, USA) Visualización 3D y análisis interactivo para estudiar en detalle la estructura de moléculas de proteína (y ácidos nucleicos).
pdb
v.1.982
v.2.1alfa
v.1.86
Require Chime. Puede funcionar en Linux con simulador de Windows.
VMD (Visual Molecular Dynamics) Theoretical Biophysics Group, Univ. Illinois Visualización, animación y análisis de sistemas biomoleculares grandes  
Mac, Windows y Unix. Incluye código fuente.
Probado mínimamente en Windows y linux, se pueden enviar comentarios
'FoldIt (light)' Jean-Claude Jesior Visualización y análisis de moléculas  

(sólo Mac)
No lo he probado, si alguien lo hace puede enviar comentarios
Star Downloader Star Downloader Gestor y acelerador de descargas  
(sólo Win)
Muy bueno, es realmente rápido. Parte los archivos en varios trozos y así bajan más deprisa.
Tracer Marcus Karolewski Digitaliza curvas (extrae datos de las imágenes)
Lee: bmp, jpg, gif, portapapeles.
Escribe: txt, xls, portapapeles
v.1.61
(sólo Win)
Acción manual o automática. Pequeño tamaño.
PeakFitter Marcus Karolewski Ajusta datos a ecuaciones definidas por el usuario
Lee: txt.
Escribe: txt, bmp, wmf, emf, portapapeles.
v.1.1
(sólo Win)
Pequeño tamaño.
Spline2 Barend Thijsse y col. Ajusta datos a curvas suavizadas
Lee: txt
Escribe: txt
v.6
(Win, DOS, MacOS, Unix, linux)
Sólo tiene interfaz gráfica para Windows.
(*) Hay una buena revisión comparativa de programas de dibujo de fórmulas aquí (Tamas E. Gunda)
.

3) Compresores y descompresores de archivos, gratuitos

(El famoso y ubicuo WinZip no es gratuito, es shareware y cuesta 29$. Eso sí, es bueno.)
Nombre Propietario Tipo de archivos Descarga
FreeZip Dariusz Stanislawek
 
zip
Info-Zip
(Zip, UnZip, WiZ, MacZip)
 (grupo de trabajo en internet)      zip
También otros sistemas operativos
Stuffit Expander Aladdin Systems       arc arj bz2 gz hqx lha lzh pf rar sit sea tar tgz tz Z zip
Unix ¿Linux?
Win-GZ Foxy Software
(Bob Crispen)
         gz
Sólo comprime un archivo cada vez
MacGzip Jean-loup Gailly         gz
HalZip Alirio Gavidia     zip Busca dentro de archivos. Programador de tareas.  Sencillo.
2000ZIP Somser         zip
dcZip David Campaign           zip gzip bzip2 Requiere Java (1.3 o 1.4).
Por ello: Linux, Unix
IZArc IZSoftware (Ivan Zahariev) 7-zip a ace arc arj b64 bh bz2 bza cab cpio deb
enc gca gz gza ha jar lha lib lzh mbf mim pak pk3 rar rpm tar taz tbz tgz tz uue war xxe yz1 Z zip zoo
zipItFast! MicroSmarts Enterprise zip exe tar cab
gzip lha ace rar uue xxe ...

4) Colecciones de imágenes científicas

(excluidos los modelos moleculares, que están en otra sección)
Nombre Propietario Propósito Tipo de archivos Descarga
"Bioimágenes" SEQC (Sociedad Española de Bioquímica Clínica y Patología Molecular) Dibujos de material de laboratorio, etc.
jpg
5 "galerías"
y enlaces a otras
HONmedia Health On the Net Foundation Recopilación de imágenes
gif, jpg
Base de datos con enlace a 1.950 imágenes y vídeos de temas biomédicos. Clasificadas por categorías y con buscador MeSH.
Free Clip Art Bio-Rad Laboratories Colección de imágenes de laboratorio
gif
Clasificadas. De uso gratuito
The Iconolog Gif collection   Colección de imágenes de tipo iconos y botones
gif
general
ciencia
Muy numerosa
NBIF Clip Art National Biotechnology Information Facility Imágenes científicas variadas
jpeg
Algunas de tamaño grande. Buena calidad
Galería de imágenes del Proyecto Genoma Humano Human Genome Program Imágenes relacionadas con el PGH y con el estudio de los genomas
varios

5) Programas no tan gratuitos, pero curiosos

Nombre Propietario Propósito Tipo de archivos Descarga
Molecular Mass Calculator Pieter van Santen Calcula masas moleculares a partir de la fórmula, con un sistema periódico (zip, 238 kb; sólo PC) shareware, 11,50 €
Chemical Reaction Stoichiometry Calcula estequiometría de reacciones (zip, 246 kb; sólo PC) shareware, 6,50 €
Main Metabolic Pathways Muestra un mapa metabólico en el que se pueden buscar rutas, moléculas y enzimas (zip, 371 kb; sólo PC) shareware, 11,50 €
(shareware = prueba primero, paga después)

6) Software de biología molecular (trabajo con bases de datos, análisis de secuencia, etc)

The Biocatalog: catálogo de software de interés general en biología molecular y genética del EMBL.

Molecular Toolbox: Useful Molecular Biology Bookmarks. Recopilación de enlaces de Sidney Morris.