¿Por qué un plásmido al que no hemos añadido enzima de restricción muestra dos o tres bandas en un gel de agarosa, en lugar de una sola (pues todas las moléculas son iguales)?
Cuando se extrae el DNA plasmídico de las bacterias, obtenemos algo que consideramos un producto purificado, pero habitualmente habrá moléculas de plásmido en dos o tres conformaciones, formas topológicamente diferentes. Tal como se describe en las páginas siguientes, estas tres formas, conocidas como superenrollada, relajada y lineal de longitud completa, corresponden a la misma molécula y tienen todas el mismo nº de pb (o “longitud” de la molécula), pero tienen diferente forma, por lo que ocupan un volumen efectivo diferente y avanzan por el gel a distinta velocidad.
Puede generarse una idea equivocada debido al modo como pensamos en los geles. Habitualmente, pensamos que el gel separa el DNA de acuerdo con su tamaño (entendido como nº de pb, o “longitud” de la molécula), pero esto sólo es cierto si todas las moléculas de la muestra tienen la misma forma. La forma de la molécula afecta a su velocidad de migración o avance por el gel. Como se muestra aquí, es posible ver las dos o tres formas de la molécula, en la misma calle del gel; todas ellas tienen el mismo número de pares de bases.