Color

Para modificar el color de un modelo molecular: 

• Activa el menú desplegable: coloca el puntero del ratón sobre el recuadro de la molécula y pulsa el botón derecho del ratón
  (o bien haz clic con el botón izquierdo sobre el logotipo "JSmol", o clic mientras mantienes pulsada la tecla Control).
   
• Elige la opción “Color > Patrón”

(esto modifica el color de los átomos, pero los enlaces y el resto de elementos (esqueleto, trazo, cintas...) "heredan" el color de los átomos)

• Elige una de las distintas posibilidades que a continuación se describen.
  
  • Por elemento (CPK): se utiliza el esquema de Corey-Pauling-Koltun. Los colores de los átomos más usuales son:

    Carbono	Hidrógeno	Azufre
    Oxígeno	Nitrógeno	Fósforo

     
  • Por aminoácido: este patrón o combinación colorea los aminoácidos de acuerdo con sus propiedades. Los colores sirven para identificar los aminoácidos en un ambiente inusual o "sorprendente". Las partes externas de una proteína que son polares reciben colores visibles (brillantes) y los residuos no polares, más oscuros. El esquema de color completo es:

    Asp, Glu, Cys, Met, Lys, Arg, Ser, Thr, Phe, Tyr, Asn, Gln, Gly, Leu, Val, Ile, Ala, Trp, His y Pro.

     
  • Por estructura secundaria: se colorean selectivamente las zonas con estructura secundaria en hélice alfa, hoja beta, giros y estructura al azar (en blanco). Este tipo de modelo se suele utilizar para analizar la estructura secundaría de las proteínas.
     
  • Por cadena: cada cadena se colorea de un color. Muy útil para visualizar rápidamente la estructura cuaternaria de las proteínas.