Dado que la funcionalidad de Jmol depende de una miniaplicación Java y del lenguaje JavaScript, es sencillo instalar en un servidor web páginas que contienen Jmol. Estas instrucciones se han desarrollado en un servidor que utiliza Apache, y es posible que no funcionen correctamente para un servidor Microsoft (si alguien tiene acceso a este tipo de servidor, agradeceré que me comunique el resultado). Si usas un sistema de gestión de contenidos (CMS) es probable que estas instrucciones no sirvan, pues la mayoría de instalaciones de CMS no permiten la inclusión de miniaplicaciones o de instrucciones JavaScript. Además, en muchos sistemas CMS es difícil subir una carpeta de archivos completa. Dentro del equipo de desarrollo de Jmol se está trabajando en la forma de insertar Jmol en wikis (consulta la wiki de Jmol si quieres más información). Si no sabes cómo añadir contenidos a tu servidor web, deberías comentarlo con el administrador de tu web antes de intentar la instalación de Jmol o de páginas que utilicen Jmol.
Necesitarás subir una serie de archivos a tu servidor web. La mejor manera de hacerlo es mediante una conexión ftp o sftp.
Entre los programas que puedes usar para la transferencia de archivos se pueden citar:
| Windows | MacOS | Linux | |
| Filezilla | sí | sí | sí |
| MacOS Finder | sí (ftp) | ||
| Fugu | sí (sftp) | ||
| Visor de archivos | sí |
Sube la miniaplicación Jmol a un sitio adecuado del servidor, que habitualmente será cerca de la raíz de la estructura de carpetas o directorios a la que tengas acceso. Sólo es preciso hacer esto una vez, así como cuando quieras actualizar la miniaplicación Jmol. Como mínimo, debes instalar en una carpeta (o directorio) dedicada a Jmol los siguientes archivos: Jmol.js, JmolApplet.jar, todos los archivos JmolApplet0_...jar y LICENSE.txt. Sólo necesitas instalar los archivos .jar de la miniaplicación firmada (JmolAppletSigned*.jar) si pretendes que las páginas utilicen la miniaplicación para acceder a archivos ubicados en ordenadores distintos del servidor. Cerciórate de dónde estás colocando la carpeta de Jmol, pues tendrás que especificar su ruta en las páginas web que crees.